それぞれが極めて強力な能力を持つゴヨウのポケモン達を相手に、
苦戦の末辛くも勝利を得て、一時の平穏を得るサトシたち。
そんな中、マサラタウンが何者かに占拠されてしまう。
かって傭兵だったサトシの母の指示により、サトシたちは３チームに別れ敵の司令塔を目指す。
だが、ポッチャマたちの前にトレーナー、レッドが出現。
その圧倒的パワーの前になす術なくポッチャマは倒されてしまう！
覚醒したポッチャマ、エンペルトの前にさしものレッドも敵ではなかった。
戦いが終わり、平和を取り戻したマサラタウン。
サトシはオーキド・シリーズと呼ばれるトレーナーたちが落とした１枚の写真を手にする。
彼らの戦いは続く…。